El prognatismo es un tipo de deformación de la cabeza en relación con la base esquelética de la mandíbula o el maxilar, en donde cualquiera de estos sobresale más allá de la línea imaginaria predeterminada en el plano coronal del cráneo. En salmón del Atlántico (Salmo salar) y trucha café (Salmo trutta), se ha denominado este tipo de deformación como pug head o pug-headedness como una falta de desarrollo o hipoplasia de la maxila o como una deformación de la maxila, premaxila y hueso infraorbital.

La Septicemia rickettsial salmonídea (Piscirickettsia salmonis) y la enfermedad branquial (complex gill disease, CGD), se encuentran entre los principales desafíos sanitarios que enfrenta el cultivo de salmónidos en Chile.

La aplicación de la técnica de inmunohistoquímica (IHQ), utilizando anticuerpos monoclonales en tejidos embebidos en parafina evidencia la presencia de estructuras cocoides consistente con la presencia del patógeno en el tejido branquial.

En un ejemplar de la especie Salmón del Atlántico (Salmo salar) fue observada una masa subopercular de 3 a 3,5 cm que se sitúa en porción superior de la cavidad branquial, presionando las branquias, de superficie irregular, color gris y negro, con zonas hemorrágicas, de textura firme, hallazgos consistentes con una neoplasia pseudobranquial.

Los sarcomas de tejidos blandos se pueden originar en tejidos blandos, como los tejidos adiposos, musculosos, nerviosos y fibrosos, así como en los vasos sanguíneos o los tejidos profundos de la piel. Los fibrosarcomas pueden ser circunscritos o infiltrativos, pequeños o extremadamente grandes. La superficie de corte es blanca o gris, siendo frecuente el patrón fascicular entrelazado. 

La coagulación de vitelo es una patología no infecciosa, responsable de mortalidades del desarrollo temprano que afecta a todas las especies de salmónidos. Esta condición patológica se caracteriza por una desnaturalización de las proteínas del vitelo, manifestándose con la presencia de puntos o áreas del vitelo con color blanco, que puede presentarse en ovas y alevines con saco. 

La presencia de hemorragias focales en los filetes (red focal change), representan una de las causas de degradación de calidad de filetes durante el proceso y puede o no estar asociada a la presentación de melanosis. Entre las causas asociadas con este hallazgo  se encuentran como factores de riesgo manejos previos a cosechas, ataques de lobos, fracturas vertebrales espontáneas, entre otros. 

Los filamentos branquiales se encuentran formados por un centro cartilaginoso rodeado de tejido conectivo que contiene vasos sanguíneos aferentes y eferentes. 

La condrodisplasia es un trastorno del cartílago de los filamentos branquiales que se caracteriza por un crecimiento y desarrollo anormal de los condrocitos.

La degeneración tubular renal es una entidad que puede ser consecuencia de numerosas causas que alteran la función celular y generalmente es un indicador temprano de necrosis celular. La degeneración tubular es caracterizada por una variedad de cambios morfológicos entre los cuales se encuentran el incremento del tamaño y edema celular.

El edema celular (degeneración vacuolar, degeneración hidrópica) es la primera manifestación de casi todas las formas de daño celular y es una de las características más comunes de la degeneración tubular.

El alargamiento y contracción del saco vitelino se presenta generalmente asociado a una alta actividad de los alevines lo cual crea una fuerza posterior en el alevín y saco vitelino, causando la elongación de este.

Los peces afectados presentan alargamiento del saco y de forma variable con contracción del saco vitelino, desplazamiento posterior de la gota lipídica, contracción del saco vitelino y coagulación de vitelo.

Los melanomas emergen a partir de células pigmentarias de la piel, de sitios extra cutáneos y de la úvea del ojo.

Histológicamente los melanomas se encuentran compuestos por clústeres de grandes células pigmentadas células y células fusiformes pigmentadas, las cuales presentan un núcleo oval, central de reducido tamaño, formando apariencia tipo remolino.

La calcificación distrófica es un depósito anormal de calcio que se presenta en zonas de necrosis, tanto coagulativa como caseosa o por licuefacción, y también en zonas de necrosis enzimática de la grasa.

En salmónidos en cultivo es un hallazgo poco frecuente posiblemente asociado a trastornos de tipo metabólico.

La enfermedad bacteriana del riñón (BKD) es una infección bacteriana causada por Renibacterium salmoninarum, que se caracteriza morfológicamente por la inflamación granulomatosa sistémica. Macroscópicamente los peces afectados presentan múltiples nódulos de color blanco en los órganos afectados.

La amebiasis branquial es una enfermedad parasitaria que afecta al cultivo de salmónidos causada por protozoo de vida libre denominado Paramoeba perurans, perteneciente a la familia Vexilliferidae.

Las infecciones se caracterizan histopatológicamente por una proliferación de las células epiteliales, lo cual trae como consecuencia una fusión de las lamelas y filamentos branquiales.

La presentación de la melanosis constituye una de las principales causas de degradación de calidad y pérdida de rendimiento en la planta de proceso.

Morfológicamente los peces afectados pueden presentar lesiones generalmente menores a 3 cm, caracterizadas por una distribución focal, multifocal a difusa, afectando de forma superficial o profunda la musculatura.

Las patologías infecciosas que afectan a la vejiga natatoria son poco frecuentes y la vía de infección se encuentra posiblemente relacionada con ingreso de los patógenos a través del ducto neumático.

La infección por Exophiala salmonis se caracteriza por una proliferación de hifas septadas en el lumen de la vejiga natatoria, asociada de forma variable a inflamación, degeneración y necrosis del tejido.

La hemorragia se define como la extravasación de la sangre hacia el espacio extravascular. En el corazón las hemorragias se presentan predominante afectando a la capa compacta del miocardio. Las hemorragias epicardiales son poco frecuentes y se han observado asociada a múltiples causas.

La nefropatía crónica es una condición no infecciosa que afecta al cultivo de salmónidos en la fase de agua dulce en sistemas de flujo abierto y recirculación.

Entre los signos macroscópicos observados en los peces afectados se encuentran distención abdominal, exoftalmia, hemorragias en la base de las aletas, ascitis e hígado pálidos entre otros hallazgos.

La septicemia rickettsial salmononídea es una infección bacteriana causada por Piscirickettsia salmonis, que afecta a todas las especies de salmónidos cultivados en Chile.

Las infecciones crónicas en Salmón coho (Oncorhynchus kisutch) cursan de forma variable con peritonitis.

La melanosis es consecuencia de la acumulación de melanomacrófagos en los tejidos en los cuales se presenta una lesión o infección.

La melanización del miocardio no es un hallazgo frecuente y se ha asociado a infecciones virales y bacterianas de curso crónico.

La Saprolengiasis es una infección causada por diversas especies de hongos pertenecientes al género Saprolegnia sp., la cual afecta a todas las especies de salmónidos cultivados en la fase de cultivo en agua dulce.

Entre los signos clínicos observados en los peces afectados se encuentran despigmentación de la piel, erosiones y úlceras cutáneas, asociadas de forma variable a la presencia de estructuras fúngicas.