La enfermedad branquial (complex gill diseases, CGD) es una patología de origen multifactorial que afecta a todas las especies de salmónidos cultivados. El contacto directo del delicado epitelio branquia con el medioambiente marino resulta en la exposición directa a patógenos, toxinas, material particulado y organismos presentes en las jaulas de cultivo, haciéndolas particularmente susceptibles a las infecciones y daño mecánico. Los peces afectados presentan filamentos branquiales engrosados, de color gris o blanco, de forma variable asociado a acortamiento de su longitud, presencia de mucus y hemorragias. 

La hiperpigmentación post inflamatoria, es una hipermelanosis adquirida que se presenta posterior a una inflamación o lesión cutánea. La hiperpigmentación puede afectar a la epidermis o dermis.  La hiperpigmentación post inflamatoria es el resultado de la sobreproducción de melanina o de una dispersión irregular del pigmento después de un proceso inflamatorio cutáneo. Los peces afectados presentan melanosis multifocal que se presentan en opérculo, zona corporal lateral y abdomen. Adicionalmente un porcentaje de peces presentaron daño ocular, cataratas, daño opercular y erosión y pigmentación de las aletas pectorales.

El queratocono es un trastorno ocular degenerativo caracterizado por la pérdida del progresiva del espesor del estoma en la zona central y paracentral corneal, produciendo una modificación en al curvatura cornea, de este modo la forma esférica de la córnea se modifica a una cónica.  La evaluación clínica y oftalmológica es fundamental para el diagnóstico. Determinar la frecuencia y severidad de la patología en la población de peces contribuye a determinar el pronóstico productivo sanitario.

Las cataratas son definidas como la opacidad parcial o total del cristalino, lo cual trae como consecuencia una disminución o pérdida de la visión. Las cataratas son esencialmente un diagnóstico clínico que denota la pérdida de la función óptica. La presentación de cataratas en smolt de Salmón del Atlántico (Salmo salar), cultivados en agua dulce es una condición poco frecuente, siendo relevante la correlación de los análisis de laboratorio con el historial clínico para determinar posibles factores de riesgo. 

El desarrollo embrionario en peces teleósteos es un proceso altamente complejo. Alteraciones menores del medio ambiente acuático o maternal pueden producir alteraciones del desarrollo. La presentación de gemelos unidos, siameses, es un hallazgo que se presenta de forma variable en el cultivo de salmónidos y su importancia depende de la frecuencia de presentación de esta anormalidad en la población afectada.

El Síndrome hemorrágico del smolt (SHS) es una enfermedad de etiología desconocida que afecta a smolt y post smolt de Salmón del Atlántico (Salmo salar), en la fase de cultivo de agua dulce y post transferencia al mar y la fase de engorda. En la etapa de engorda se ha registrado con mayor frecuencia la presencia de ictericia y hemorragias musculares petequiales a difusas.

El Síndrome hemorrágico del smolt (SHS) es una enfermedad de etiología desconocida que afecta a smolt y post smolt de Salmón del Atlántico (Salmo salar), en la fase de cultivo de agua dulce y post transferencia al mar. En este artículo se reporta cuadro clínico en la fase de engorda. Los peces afectados presentan branquias pálidas, hemorragias multifocales en el hígado, vejiga natatoria, cápsula renal, intestino, grasa visceral y musculatura. 

El término hialino suele aludir a una alteración dentro de las células o en el espacio extracelular que les da un aspecto homogéneo rosado y vítreo en los cortes rutinarios de histología teñidos con hematoxilina y eosina. Estas son entidades morfológicas inespecíficas que se encuentran en una variedad de lesiones que van desde lesiones normales a no neoplásicas a neoplásicas, pudiendo ser  intracelulares o extracelulares.

Flavobacterium psychrophilum es una bacteria perteneciente al género Flavobacterium, Gram negativa, de morfología filamentosa, sicrófila y de pigmentación amarilla, responsable de infecciones externas (cutáneas, branquiales) y sistémicas. Las infecciones en branquias se asocian a la presencia en cantidades variables de bacterias filamentosas gram negativas en los filamentos y lamelas branquiales. En los estados avanzados la infección se asocia a necrosis del epitelio branquial.

La septicemia rickettsial salmonídea (SRS) es una infección bacteriana causada por Piscirickettsia salmonis, que cursa con una inflamación sistémica granulomatosa. Específicamente en el epicardio se presenta un infiltrado inflamatorio mononuclear difuso, produciendo. Por medio del uso de la inmunohistoquímica específica para Piscirickettsia salmonis, se evidencio la presencia de intensa reacción positiva en vacuolas intracelulares de células inflamatorias del epicardio, caracterizadas morfológicamente como cocos. 

La inflamación del músculo esquelético y cardiaco (HSMI), es una enfermedad infecciosa causada por Piscine orthoreovirus (PRV), virus ARN perteneciente a la familia Reoviridae, género Orthoreovirus. Los peces afectados clínicamente presentan de forma variable hemopericardio, hemorragias de la grasa peripilórica y coágulos en la cavidad abdominal.

El epicardio es la membrana externa que cubre al corazón, compuesta por un epitelio plano y una capa subyacente de tejido conectivo que se fusiona con el pericardio que reviste la superficie interna de la cavidad pericárdica. La inflamación del epicardio puede ser reconocida en diversas enfermedades infecciosas, principales virales y bacterianas. La epicarditis se caracterizada por infiltrado difuso predominantemente mononuclear del epicardio. 

El prognatismo es un tipo de deformación de la cabeza en relación con la base esquelética de la mandíbula o el maxilar, en donde cualquiera de estos sobresale más allá de la línea imaginaria predeterminada en el plano coronal del cráneo. En salmón del Atlántico (Salmo salar) y trucha café (Salmo trutta), se ha denominado este tipo de deformación como pug head o pug-headedness como una falta de desarrollo o hipoplasia de la maxila o como una deformación de la maxila, premaxila y hueso infraorbital.

La Septicemia rickettsial salmonídea (Piscirickettsia salmonis) y la enfermedad branquial (complex gill disease, CGD), se encuentran entre los principales desafíos sanitarios que enfrenta el cultivo de salmónidos en Chile.

La aplicación de la técnica de inmunohistoquímica (IHQ), utilizando anticuerpos monoclonales en tejidos embebidos en parafina evidencia la presencia de estructuras cocoides consistente con la presencia del patógeno en el tejido branquial.

En un ejemplar de la especie Salmón del Atlántico (Salmo salar) fue observada una masa subopercular de 3 a 3,5 cm que se sitúa en porción superior de la cavidad branquial, presionando las branquias, de superficie irregular, color gris y negro, con zonas hemorrágicas, de textura firme, hallazgos consistentes con una neoplasia pseudobranquial.

Los sarcomas de tejidos blandos se pueden originar en tejidos blandos, como los tejidos adiposos, musculosos, nerviosos y fibrosos, así como en los vasos sanguíneos o los tejidos profundos de la piel. Los fibrosarcomas pueden ser circunscritos o infiltrativos, pequeños o extremadamente grandes. La superficie de corte es blanca o gris, siendo frecuente el patrón fascicular entrelazado. 

La coagulación de vitelo es una patología no infecciosa, responsable de mortalidades del desarrollo temprano que afecta a todas las especies de salmónidos. Esta condición patológica se caracteriza por una desnaturalización de las proteínas del vitelo, manifestándose con la presencia de puntos o áreas del vitelo con color blanco, que puede presentarse en ovas y alevines con saco. 

La presencia de hemorragias focales en los filetes (red focal change), representan una de las causas de degradación de calidad de filetes durante el proceso y puede o no estar asociada a la presentación de melanosis. Entre las causas asociadas con este hallazgo  se encuentran como factores de riesgo manejos previos a cosechas, ataques de lobos, fracturas vertebrales espontáneas, entre otros. 

Los filamentos branquiales se encuentran formados por un centro cartilaginoso rodeado de tejido conectivo que contiene vasos sanguíneos aferentes y eferentes. 

La condrodisplasia es un trastorno del cartílago de los filamentos branquiales que se caracteriza por un crecimiento y desarrollo anormal de los condrocitos.

La degeneración tubular renal es una entidad que puede ser consecuencia de numerosas causas que alteran la función celular y generalmente es un indicador temprano de necrosis celular. La degeneración tubular es caracterizada por una variedad de cambios morfológicos entre los cuales se encuentran el incremento del tamaño y edema celular.

El edema celular (degeneración vacuolar, degeneración hidrópica) es la primera manifestación de casi todas las formas de daño celular y es una de las características más comunes de la degeneración tubular.